Je pense avoir eu un problème un peu similaire. Rien de bien dérangeant, mais comme je vois que vous vous penchez sur le problème, j'en profite pour vous faire part de celui là. J'ai joint une capture d'écran et le *.png qui pose problème.

Je précise que la conversion ne pause aucun problème si je demande une icône 32 bits en 128, 96, 72 et 64, les formats demandés sont parfaitement rendus dans le fichier ico.
En revanche, si je demande une icône en 96 uniquement, ou 72, ou encore 64, alors j'obtiens l'icône toute tordu que vous pouvez voir sur le screenshot. En 128, l'icône est correctement rendue.