oui c'est tout a fait faisable...
si tu n'as pas besoin de garder tes donnees alors formates tout via le gestionnaire de disques de windows. ("demarrer -> programmes -> accessoires -> outils d'administration -> gestion de l'ordinateur" puis onglet "gestion disques/stokage" un truc du style, la c'est de memoire et je peux pas verifier paske sur ma vieille brouette a compte limite en anglais du boulot... ).
et apres tu formates ton HDD externe en NTFS et le tour est joué...

pour les partitions de ton ordi, je pense que tu dois avoir la partition systeme en NTFS et une partition caché ou de restauration du constructeur en FAT32. quelles sont les tailles de ces partitions?

je sais pas trop pour les details mais il doit y avoir une limite pour le FAT32 qui est un format plus vieux datant des win95/98. le NTFS est plus performant et permet de gerer des fichiers plus gros, ton probleme viens surment de la...
et a savoir que windows xp sans SP ne supporte pas de dique dur de plus de 128Go...

formates ton disque en NTFS et après tu devrais plus avoir de probleme!