je confirme qu'installer une OS sur un HDD externe n'est pas une tres bonne idee en terme de performances (et je vois pas trop l'utilité en fait )...

mais tu peux installer sans probleme des logiciels sur ton HDD externe, bon apres je sais pas si ils fonctionneront tous si tu utilises ton HDD sur un autre PC (clé de la base de registre manquant), mais pour palier a ca tu as comme dit avant les logiciels mobiles. mais si tu reste sur le meme pc pas de probleme!!!

il vaut mieux formater ton disque en NTFS...
je crois que tu peux le faire sans effacer tes donnees mais je sais plus avec quel soft (peut-etre partition magique...).
apres c'est bizarre qu'il reconnaisse pas ton disque entier...