si tes icônes sont au format 48x48 alors il n'y a pas de miracle pour les convertir en 256x256 !
si ces images n'existent en plus grandes résolutions, il va falloir les redessiner en effet.

Axialis IconWorkshop n'est pas vraiment désigné pour dessiner dessus, tout au plus faire de la retouche.
Tu peux tenter de retravailler les icones sous Photoshop ou Gimp (gratuit), d'enregistrer au format .png puis d'importer dans iconworkshop (ou toycon) le png créé pour le convertir en .ico